ระบบภูมิคุ้มกัน คือ กลุ่มของเซลล์และสารที่ทำหน้าที่ป้องกันไม่ให้สิ่งแปลกปลอมหรือที่เรียกกันทั่วไปว่าแอนติเจนทำอันตรายร่างกายได้ แอนติเจนเป็นสารหรือสิ่งแปลกปลอมประเภทหนึ่ง (เช่นเดียวกับไวรัสเอชไอวี) ที่เมื่อเข้าสู่ร่างกายแล้ว ร่างกายจะสร้างแอนติบอดีขึ้นมาในเลือด (คำว่า แอนติเจนย่อมาจาก antibody generating แอนติบิอดีทำหน้าที่ต่อสู้กับแอนติเจน) โดยปกติแล้วแอนติบอดีจะทหน้าที่ป้องกันร่างกายจากเชื้อโรคต่างๆ ที่เข้าสู่ร่างกาย แต่การที่เชื้อเอชไอวีเข้าสู่ร่างกายและเพิ่มปริมาณมากขึ้นโดยไม่ถูกยับยั้งด้วยยาจะทำให้ระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอลงจนไม่สามารถต่อสู้กับเชื้อโรคได้อีกต่อไป เปรียบระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายเหมือนกับกองทัพทหารที่ทำหน้าที่ป้องกันประเทศจากศัตรูภายนอก ตราบใดที่กองทัพเข้มแข็ง ประเทศชาติก็จะปลอดภัย แต่หากกองทัพอ่อนแอหรือเผชิญหน้ากับศัตรูที่เข้มแข็งกว่าประเทศนั้นย่อมจะมีโอกาสพ่ายแพ้แม้ว่าประเทศเพื่อนบ้านจะเป็นประเทศที่เล็กกว่าก็ตาม
ระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายประกอบด้วยเซลล์ที่เรียกว่า เซลล์เม็ดเลือดขาว T-lymphocytes และเซลล์เม็ดเลือดขาวB-lymphocytes ซึ่งมีหน้าที่ป้องกันร่างกายจากอันตรายต่างๆ เหมือนกับกองทัพทหารที่ทำหน้าที่ป้องกันประเทศ ภายในเซลล์เม็ดเลือดขาว T ประกอบด้วยตัวรับ CD4 ซึ่งเซลล์เหล่านี้เรียกว่าเซลล์เม็ดเลือดขาว T4 lymphocytes หรือ T-cells หรือเซลล์ CD4
เมื่อเชื้อเอชไอวีเข้าสู่เซลล์ CD4 และ T-cells และอาศัยเซลล์เหล่านี้เพื่อขยายพันธุ์หรือเพิ่มจำนวนมากขึ้น เซลล์ CD4 ก็จะถูกทำลายลงเรื่อยๆ ทำให้ระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายอ่อนแอลงและผู้ติดเชื้อก็จะเริ่มป่วยเป็นโรคฉวยโอกาส (Opportunisticinfections: OIs) รวมทั้งเป็นโรคมะเร็งบางชนิด ในขณะเดียวกันหากร่างกายได้รับเชื้อโรคชนิดอื่นๆ ด้วย ก็จะทำให้ร่างกายอ่อนแอลงอย่างรวดเร็วและเสี่ยงต่อการป่วยเป็นโรคต่างๆ มากขึ้น